1991年，三合会会员刘健明（刘德华）老大韩琛（曾志伟）的吩咐，加入部队成为卧底，韩琛许诺刘健明会帮其在七年后晋升为见习督察。1992年，训练学校优秀陈永仁（梁朝伟）被上级要求深入到三合会做卧底，终极目标是成为韩琛身边的红人。2002年，两人都不负重望，也都身背重压，刘健明渐想成为一个真正的，陈永仁则盼着尽快回归身份。 重案组从陈永仁手中获悉一批毒品交易情报，锁紧目标人物韩梦见找不到回家的路琛，没料情报被刘健明泄出，双方行动均告失败。但此事将双方均有卧底的事实，引发双方高层清除内鬼的决心。命运迥异又相似的刘健明和陈永仁开始在无间道的旅程中接受严峻
